厦门大学中国东南海疆治理实验室是在厦门大学海洋法与中国东南海疆研究中心的基础上建立起来的。该中心于2014年成立，是福建省社会科学研究基地，旨在以中国东南海域为核心，广泛深入研究该海域所涉及的国际海洋法律与政策、人文历史以及环境与资源保护，为维护我国海洋权益提供历史与法律依据。随着研究的拓展，该中心不断衍生出新的研究平台，分别隶属学校不同人文社科院系，不断通过学科交叉拓展相关学科的新边界。

2021年，为有效整合学术资源，全力推进新文科建设，学校决定组建厦门大学中国东南海疆治理实验室（简称“实验室”）。2025年11月，成功入选教育部第二批哲学社会科学实验室。

实验室依托厦门大学南洋研究院、台湾研究院、法学院、经济学院、管理学院、历史与文化遗产学院等人文社科院系，联合海洋与地球学院、信息学院等理工科力量，在中央部委、省市地方政府、兄弟科研院所和校友企业的协同支持下，培育高水平的中国东南海疆治理研究团队，建设高精度的中国东南海疆数据服务平台，建构中国自主的边疆学知识体系，打造高质量的稳固海疆并经略海洋的国家高端智库，服务海洋强国和边疆治理的国家战略。